سید علی‌اکبر ابوترابی در دوازدهم خرداد ۱۳۷۹ در مسیر زیارت حرم علی بن موسی الرضا (ع) به همراه پدرش آیت اللَّه سیدعباس ابوترابی‌فرد بر اثر سانحه رانندگی در ۶۱ سالگی درگذشت و پیکر هر دو در صحن آزادی حرم امام رضا به خاک سپرده شد.