ششم تیرماه ۱۳۶۰ حضرت آیتالله خامنهای به دست گروهک فرقان در یک عملیات تروریستی مورد هدف قرار گرفتند.عملیاتی که در حین سخنرانی ایشان در مسجد ابوذر رخ داد.
در ادامه بخشی از خاطرات همسر معظم له از روز ترور را می خوانید:
«آن روز که شنبه بود، ایشان به مسجد ابوذر رفته بودند. ما برای ناهار منتظرشان بودیم و دیر کرده بودند. کم کم من نگران میشدم، ساعت از دو گذشته بود و چون برق منزل قطع بود، ما رادیو نداشتیم و من اخبار را نشنیده بودم و از هیچ جا خبر نداشتم. ترور ایشان در خلاصه اخبار گفته شده بود، ظاهرا همه غیر از من از حادثه خبر داشتند. در این بین از طرف یکی از دوستانمان تلفن شد که آیا جریان ترور آقای خامنهای صحت دارد؟ من بدون این که اظهار بیاطلاعی کنم گفتم شما چه خبری دارید؟ گوشی را گذاشتم و پابرهنه و سراسیمه به طرف در منزل دویدم. متوجه ناراحتی چند نفر از پاسدارها که در منزل بودند شدم. اما پاسدارها به ملاحظه من، میگفتند معلوم نیست خبر راست باشد. من بیاختیار در خانه را باز کردم، دیدم ماشین همسایه حاضر و روشن است.بعدها فهمیدم این همسایههای مهربان که قبلا از خبر مطلع شده بودند، ماشین خود را حاضر و حتی روشن کرده بودند که وقتی من مطلع شدم، معطلی نداشته باشم. خوشبختانه برادرم تهران بود، سوار شدیم و به بیمارستان راهآهن رفتیم. جمعیت زیادی در آنجا جمع شده بودند. وقتی من وارد سالن شدم، سالن تقریبا پر بود.
من به پشت در سالنی رسیدم که اتاق عمل در آن جا قرار داشت. اجازه نمیدادند کسی وارد شود. به مجرد این که در سالن باز شد خود را داخل انداختم. در این بین، آقای دکتر منافی را دیدم، به من گفتند چیزی نیست الان عمل تمام میشود. من مضطرب و منتظر خبر بودم. عده زیادی از روحانیون و نمایندگان مجلس و نزدیکان بودند. از دم در بیمارستان صدای جمعیت میآمد که فریاد میزدند: «مرگ بر آمریکا و مرگ بر منافق» سر و صدای مردم مانع کار پزشکان بود.
از طرفی میخواستند آقای خامنهای را به بیمارستان قلب منتقل کنند. هلیکوپتر هم آورده بودند ولی ازدحام جمعیت به حدی بود که هیچگونه نقل و انتقالی امکان نداشت. بلاخره بهاین نتیجه رسیدند که با تظاهر بهاین که اقای خامنهای را منتقل کردهاند، مردم را متفرق کنند.لذا برانکاردی آوردند و شخصی روی آن خوابید. رویش را ملافه کشیدند و او را داخل هلیکوپتر گذاشتند و هلیکوپتر حرکت کرد. مردم شعار «مرگ بر آمریکا، مرگ بر بنیصدر» میدادند.
بعد از پرواز هلیکوپتر، مردم هم تدریجا متفرق شدند. پزشکان جراح تلاش زیادی میکردند تا بلاخره عمل تمام شد. نمیدانم چه ساعتی بود ولی گویا نزدیک غروب بود ایشان را به اتاق دیگری بردند. آن وقت به ما اجازه دادند که از پشت شیشهایشان را ببینیم. حالشان خوب نبود. قدری بعد هلیکوپتری در بیمارستان به زمین نشست. ایشان را به داخل هلیکوپتر بردند.
خونریزی خیلی شدید بود. دکترها تلاش میکردند که خونریزی بند بیاید ولی ممکن نمیشد. دوبارهایشان را به اتاق عمل بردند. پس از پایان عمل، یکی از دکترها به اتاقی که من در آن بودم آمد و گفت: «آقای خامنهای بحمدالله حالشان خوب است»
ترکشهای بمبی را که از ریهشان بیرون آورده بودند، به من دادند. چند روزی در آی سی یو بودند و پس ار آن، ایشان را به بخش دیگری انتقال دادند. در چند روز اول حال ایشان نامطلوب و نگرانکننده بود. با این که در یکی از فواصلی که حالشان اندکی بهتر بود مصاحبه هم کردند، اما بارها وضع ایشان نگران کننده شد تا این که بحمدالله بعد از گذشت سه هفته، خطر کمی مرتفع گشت. این بخش کمی از خاطرات آن روزهای من است. همه آن نگرانیها و اضطرابها نه در یاد ماندنی و نه نوشتنی است.»