در صورت تصویب نهایی طرححذف غربالگری جنین، یکی از موارد اختلاف در دو طیف موافقان و مخالفان آن، تشکیل شورای جدید سقط جنین در پزشکی قانونی با حضور سه پزشک متخصص و سه فقیه است موافقان این طرح، مصرند موضوعاتی از جمله تعیین حرج مادر و بعد شرعی تشخیص موارد سقط، به عهدهی فقیه بوده و تشخیص پزشک تنهایی کفایت نمیکند. به عقیده آنها دلیل مخالفت جامعه پزشکی با حضور فقها در این شورا، تخلفاتی است که تاکنون صورت گرفته است. ادعایی که البته با مخالفت صریح جامعه پزشکی همراه است.